海研究会と遺伝子推定

明日から開催の「海」研究会へは38名の方々に参加登録いただきました。今日夕方までに、参加者の方々へ最終のご連絡をお届けする予定です。

研究会で重点的に扱うわけではありませんが、このブログで近いうちに、脊椎動物の全ゲノムアセンブリ上の遺伝子推定（全ゲノム規模のCDS配列予測）について、自分の経験が主体になりますが、何回かに分けて書く予定です。どこかに文字で残しておく意義を感じるきっかけが周辺で多々あったため、思い立って。

アルゴリズムや歴史を細かく、というよりは利用面、とくに今使われている手法につながることをかいつまんで、という想定です。GenScan、GeneMark、Augustus、Exonerate、Braker、Helixer, Tiberius、Gnomon/EGAPあたりが登場予定です。Augustusで、ウミヤツメやジンベエザメなんぞが何故デフォルトで種指定できるのか、など。来月また行われるPlant Animal Genome会議からの遠い記憶も辿ります。