当研究室では、種が変わっても活かせるゲノム情報解析と公開のノウハウを生かして、さまざまな生物の研究に参加しています。メダカNBRPへの情報公開についての活動もそのひとつです。小型魚類研究MLから発信したニュースのバックナンバーを辿ることができるよう、ここに記録しておきます。
Medaka Omics News by NBRP - Sep 2023
メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。
▲ メダカNBRP 生命情報チームとしてMedakaBaseを構築し、
昨年の分子生物学会にて開設をアナウンスしました。
国立遺伝研大量遺伝情報研究室（中村研）と系統情報研究室（川本研）
の協力により実現しました。
▲ 上記のサイトに加えて、メダカ関係リソースや有用なツールを、
Medaka Omics Referenceページにまとめて紹介しています。
▲ Oryzias latipes Hd-rRについて、10X Chromiumシステムによる
シングルセル遺伝子発現解析での利用を想定した遺伝子モデルの
改善を試みました。https://shorturl.at/wHKM7
改変した遺伝子モデルは各々の研究にご利用いただけます。
▲ メコンメダカ（Oryzias mekongensis）のゲノムアセンブリを
新規に構築し、遺伝子をゲノムワイドに推定しました。
得られた配列のBLAST検索が可能です。
基となるHiFiリードは基礎生物学研究所トランスオミクス解析室（重信研）
にて取得しました。
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NBRPメダカ 生命情報チーム（国立遺伝研 分子生命史研究室）
メール相談窓口 nbrp.medaka.info@gmail.com
Twitterアカウント https://twitter.com/NbrpMedakaOmix
MedakaBase https://medakabase.nbrp.jp/
Medaka Omics Reference https://github.com/Squalomix/medaka-annex
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